Le 7 janvier 2009 à l'occasion de la rentrée solennelle de la Cour de cassation, le chef de l'État a annoncé la suppression du juge d'instruction pour confier l'ensemble des enquêtes judiciaires au parquet, sous le contrôle d'un magistrat du siège. Le 4 mai 2010, le chef de l'État a annoncé le report de la suppression du juge d'instruction.

Le Comité de réflexion, présidé par le magistrat Philippe Léger, chargé de formuler des propositions visant à réformer la procédure pénale a remis son rapport au président de la République le 1er septembre 2009 en présence de Michèle Alliot-Marie, ministre d'État, Garde des Sceaux, ministre de la Justice et des Libertés, ainsi que de Monsieur Jean-Marie Bockel, Secrétaire d'État à la Justice.

Le rapport du Comité de réflexion sur la justice pénale contient douze propositions.

La phase préparatoire du procès pénal :
Il est proposé de transformer le juge d'instruction en juge de l'enquête et des libertés, investi exclusivement de fonctions juridictionnelles.
Le juge de l'enquête et des libertés est compétent pour décider des mesures attentatoires aux libertés individuelles et contrôle la loyauté de l'enquête.

Il est préconisé de simplifier la phase préparatoire du procès pénal en instituant un cadre unique d'enquête.
Le procureur de la République est ainsi directeur d'enquête et autorité de poursuite.
Les magistrats du parquet conserveront leur statut actuel.
Le contrepoids à l'extension des pouvoirs du parquet réside dans l'instauration du juge de l'enquête et des libertés qui contrôlera l'action du parquet, dans le renforcement des droits de la défense (le mis en cause), l'accroissement des droits de la victime et dans la suppression du secret de l'enquête (tout en maintenant le secret professionnel).

Il est conseillé de renforcer le respect des droits et libertés individuelles dans la phase préparatoire au procès pénal.
Cela concerne la garde à vue, la détention provisoire et le mandat d'amener.

Il est souhaité de simplifier et d'harmoniser la procédure préparatoire au procès pénal, en unifiant les différents régimes de garde à vue, en remplaçant la chambre de l'instruction par une chambre de l'enquête et des libertés soumise à des règles procédurales simplifiées.

La phase décisoire du procès pénal :
Le président d'audience doit être davantage un arbitre du débat judiciaire. Pour ce faire, il ne dispose plus de la direction des débats, mais veille uniquement au bon déroulement de l'audience.

En matière correctionnelle, l'échevinage sera développé.

Les droits des parties civiles seront renforcés dans la phase de jugement.

La cour d'assises sera modernisée et les garanties entourant la procédure criminelle seront améliorées.
Les préconisations sont les suivantes : l'obligation de motiver les arrêts d'assises, la possibilité pour les assesseurs et le jury d'avoir accès au dossier de la procédure, la retranscription ou l'enregistrement des procès d'assises, l'attribution à la partie civile d'un droit de récusation des jurés d'assises, le contradictoire dans l'exposé des charges initial, la reconnaissance de la pratique de la correctionnalisation, l'allègement de la procédure d'assises en cas de reconnaissance de sa culpabilité par l'accusé, la restriction des cas de défaut criminel...

Les délais de procédure seront harmonisés.

La phase exécutoire du procès pénal :
Le Comité ne formule aucune proposition.

Droit pénal :
Le Comité préconise un travail préalable d'inventaire, de tri et de regroupement pour le Code pénal.

Lors de la rentrée solennelle de l'Ecole de Formation du Barreau (EFB) à Paris, le 4 janvier 2009, le garde des Sceaux a présenté les axes de la réforme de la procédure pénale, dont un avant-projet de texte devrait être prêt d'ici le printemps 2010.
Ainsi, lorsque le parquet souhaitera faire une enquête, le garde des Sceaux ne pourra faire obstacle à son déclenchement. Le garde des Sceaux ne pourra pas ordonner le classement sans suite d'une affaire.
Si le procureur refuse de déclencher l'enquête, les parties pourront former un recours devant un juge qui pourra ordonner au parquet d'enquêter.
Dans les cas où n'y a pas de partie pour contester la décision du procureur, tout citoyen doit pouvoir contester la décision de classement du procureur.
Au stade de l'enquête, si le procureur refuse d'effectuer certains actes demandés par l'une ou l'autre des parties, la partie pourra saisir le juge de l'enquête et des libertés (JEL). Si le procureur refuse de tirer les conséquences de la décision du JEL, la partie pourra saisir la chambre de l'enquête et des libertés.
Si le parquet décide le non-lieu, les victimes pourront saisir le JEL pour contester cette décision.
Dans le cas d'infraction au préjudice de la collectivité publique, tout citoyen pourra contester le non lieu en se constituant « partie citoyenne » dans la procédure.

Le 5 mai 2010, le groupe de travail chargé d'établir un projet de réforme de l'instruction a remis son rapport au garde des Sceaux.

Le groupe de travail a formulé les propositions suivantes :

Organiser plus complètement les compétences du juge de l'enquête et des libertés :
Le juge de l'enquête et des libertés (JEL) doit être compris comme un ordre de juridiction, en étendant sa compétence au contrôle de toutes les mesures privatives de liberté ou intrusives et, le cas échant, en prévoyant par la loi la possibilité d'exercice des compétences du JEL par délégation à d'autres magistrats du siège.

Conserver au Parquet, dans sa configuration actuelle et sous l'autorité du garde des Sceaux, la fonction de direction de l'enquête et de l'activité de la police judiciaire :
Le JEL assure le contrôle des garanties que doivent comporter les mesures affectant la liberté individuelle ou intrusives.

Poser le principe d'une réglementation par la loi des conditions et formes de la garde à vue conforme aux exigences de la jurisprudence constitutionnelle et conventionnelle :
Ces exigences sont la présence de l'avocat, l'assistance à l'accusé et le contrôle des conditions de détention.

Réglementer les mesures intrusives conformément aux exigences conventionnelles :
Autorisation et contrôle juridictionnel, possibilité d'une annulation si irrégulière.

Réserver la possibilité de prévoir, pour certaines mesures privatives de liberté ou intrusives, l'intervention d'un officier de police judiciaire spécialement agréé.